No Evangelho de São Mateus (2, 1 a 18), ele narra que “nos dias do rei Herodes, chegaram do Oriente a Jerusalém uns magos, dizendo: “Onde está o rei dos judeus que acaba de nascer? Porque vimos sua estrela no Oriente, e viemos adorá-Lo”. Isso perturbou o monarca que “chamando em segredo os magos, interrogou-os cuidadosamente sobre o tempo da aparição da estrela”. Depois pediu que eles, quando encontrassem o Menino, o fizesse saber para que ele também fosse adorá-lo.
Ora os Magos, depois de adorarem o Salvador do Mundo, “advertidos em sonho de não voltarem a Herodes, tornaram à sua terra por outro caminho”.
“Então Herodes, vendo-se burlado pelos magos, irritou-se em extremo, e mandou matar todos os meninos que havia em Belém e em seus arredores, de dois anos para baixo, consoante o tempo que diligentemente inquirira dos magos”. Isso não atingiu o Menino Jesus pois, enquanto os Magos partiam, o anjo do Senhor apareceu em sonhos a José, e lhe disse: Levanta-te, toma o Menino e sua Mãe, e foge para o Egito, e fica ali até que eu te avise, porque Herodes procurará o Menino para lhe tirar a vida.
Escreveram sobre os Santos Inocentes várias homilias e sermões Santo Agostinho, Santo Hilarião Arelatense, São Pedro Crisólogo, São Beda, o Venerável e São Bernardo, entre outros.
Conta o Pe. José Leite, S.J. (Santos de Cada Dia) que, na Idade Média, nos bispados que possuíam escola de meninos de coro, a festa dos Inocentes ficou sendo a deles. Começava nas Vésperas de 27 de dezembro e acabava nas do dia seguinte. Tendo eles escolhido entre si um “bispo”, estes cantorzinhos apoderavam-se das estalas dos cônegos, e cantavam em vez deles. A este bispo improvisado competia presidir os ofícios, entoar o Invitatório e o Te Deum, e desempenhar outras funções que a liturgia reserva aos prelados maiores. Só lhes era retirado o báculo pastoral ao entoar-se o versículo do Magnificat “Derrubou os poderosos do trono”, no fim das segundas vésperas. Depois o “derrubado” oferecia um banquete aos colegas, a expensas do Cabido, e voltava com eles para o seu banco.
Esta cerimônia também esteve em uso em Portugal, principalmente nas comunidades religiosas.
A Igreja latina instituiu a festa dos Santos Inocentes em uma data agora desconhecida, não antes do final do quarto século e não depois do final do quinto século. Os latinos mantêm a festa em 28 de dezembro, os gregos em 29 de dezembro, os sírios e caldeus em 27 de dezembro. Essas datas nada têm a ver com a ordem cronológica do evento; ela é mantida dentro da oitava do Natal porque os Santos Inocentes deram sua vida pelo Salvador recém-nascido. Estevão o primeiro mártir (mártir pela vontade, amor e sangue), João, o Discípulo do Amor (mártir pela vontade e amor), e estas primeiras flores da Igreja (mártires apenas pelo sangue) acompanham o Santo Menino Jesus entrando neste mundo no dia de Natal.
A estação romana de 28 de dezembro fica em São Paulo Fora dos Muros, porque se acredita que essa igreja possui os corpos de vários dos Santos Inocentes. Uma parte dessas relíquias foi transferida por Sisto V para Santa Maria Maggiore (festa em 5 de maio; é um semi-duplo). A igreja de Santa Justina em Pádua, as catedrais de Lisboa e Milão e outras igrejas também preservam corpos que afirmam ser de alguns dos Santos Inocentes.