Francisco de Borja nasceu em Gandia, Espanha, em 28 de outubro de 1510. Sua mãe, Joana de Aragão, era neta do rei católico. Ele era, portanto, bisneto de Alexandre VI (o Papa renascentista de má fama) e de Fernando V, de Aragão. Nascido assim em solo manchado, ele o purificou com suas terríveis penitências e na cooperação para a reforma da Igreja e expansão da Companhia de Jesus.
Aos dez anos Francisco perdeu a mãe, e foi confiado a um tio materno, D. João de Aragão, arcebispo de Saragoça. Entrou então para a corte de Carlos V. Nela viveu como verdadeiro cristão. Esse rei deu-lhe a mão de Da. Eleonora de Castro, virtuosa portuguesa, dama da rainha. Tiveram 9 filhos.
Em 1538, falecia a Imperatriz, considerada a mais bela princesa da Europa. O choque para o então Marquês de Lombay foi tremendo. Ele confiou então a São João de Ávila o desejo de reformar a vida. Entretanto, foi nomeado Vice-Rei da Catalunha. Em 1543, com a morte do pai, tornou-se duque de Gandia.
Em Barcelona encontrou são Pedro de Alcântara e o bem-aventurado Pedro Favre da Companhia de Jesus. Este último encontro foi determinante para a sua vida futura.Fez com ele os Exercícios Espirituais, e decidiu que, se ficasse viúvo, entraria para a Companhia de Jesus.
Três anos depois, falecia-lhe a esposa Eleonora. Francisco renunciou então aos seus títulos de nobreza em favor de seu primogênito, Carlos, e pediu admissão na Companhia de Jesus, recentemente fundada por Santo Inácio de Loyola. Em 1554 o fundador nomeia-o comissário geral da Companhia na Espanha, e dois anos depois confiou-lhe o cuidado das missões da Sociedade.
Em 1565 São Francisco de Borja foi eleito terceiro Geral da Companhia de Jesus. Durante os sete anos que para ele durou o supremo governo da Companhia, propagou as missões entre os infiéis, aumentou as províncias e, aos 1000 jesuítas, vieram juntar-se outros 2.500. Em 1571 recebeu de São Pio V o encargo de acompanhar o Cardeal Alexandrino na viagem às cortes de Espanha e Portugal. A viagem foi fatal para sua saúde. Voltando a Roma, morreu poucos dias depois, vítima da obediência, no dia 30 de setembro de 1572.
Organizador infatigável, a ele se deve a fundação do primeiro Colégio jesuíta na Europa, na sua Gândia natal, e de outros vinte na Espanha. Encontrou tempo para redigir vários tratados espirituais. Suas grandes devoções eram à Sagrada Eucaristia à eucaristia e à Virgem.
