Este santo viveu numa época muito conturbada da Igreja. Nos 8 anos de seu pontificado (1145-1153), ele teve várias vezes que deixar sua sede pontifícia por causa das turbulências e rebeliões entre o povo.
Nascido em Pisa, esse futuro Papa recebeu no batismo o nome de Pedro Bernardo. Ainda jovem consagrou-se ao serviço da Igreja, sendo cônego na catedral de sua cidade natal.
Naquela época brilhava na Igreja como luzeiro de ciência e santidade São Bernardo, abade de Claraval. Estando ele em Pisa, Pedro Bernardo uniu-se a ele, e depois o acompanhou para a França na qualidade de noviço.
Pedro Bernardo fez sua profissão religiosa em Claraval, tomando o nome do seu mestre, tornando-se Frei Bernardo de Pisa.
Aos poucos São Bernardo, reconhecendo as qualidades do discípulo, começou a empregá-lo em negócios importantes para sua Ordem. Assim, o enviou com uma colônia de monges para repovoar a antiga abadia de Farfa. Depois o papa Inocente II transferiu frei Pedro Bernardo para o mosteiro dos Santos Vicente e Anastácio, em Tre Fontane, em Roma, de onde sua fama de sabedoria e santidade se espraiaram pela Cidade Eterna.
Quando faleceu o papa Lúcio II, o Sacro Colégio, prevendo que a ruidosa população romana se esforçaria para forçar o novo Pontífice a abdicar de seu poder temporal e a jurar fidelidade ao Senatus Populusque Romanus, rapidamente sepultou o papa falecido, e retirou-se para o remoto claustro de São Cesário, na Via Ápia. Por razões desconhecidas, os cardeais, procurando um candidato fora de seu corpo, escolheram por unanimidade para o sumo pontificado o abade de Tre Fontane, Frei Bernardo de Pisa, que foi entronizado às pressas na basílica de São João de Latrão com o nome de Eugênio III.
Não podendo receber a sagração episcopal em Roma devido à agitação popular, o Papa e seus cardeais fugiram para o mosteiro de Farfa, na diocese de Viterbo, onde o novo Pontífice recebeu a consagração episcopal, instalando-se depois na cidade de Viterbo, refúgio hospitaleiro de muitos papas medievais.
Nessa cidade o novo papa recebeu a visita de embaixadas de todas as potências européias, comprovando assim que ele possuía a simpatia e afetuosa homenagem de todo o mundo cristão.
Eugênio, com habilidade e paciência, conseguiu contornar pacificamente a situação de revolta reinante em Roma, podendo assim regressar à Cidade Eterna, onde foi acolhido triunfalmente pelo povo.
São Bernardo escreveu ao seu antigo discípulo um admirável manual sobre o papado, intitulado “De Consideratione”.
O Papa Eugênio teve que enfrentar uma rebelião político-religiosa liderada por um monge agostiniano revolucionário, Arnaldo de Brescia, precursor do protestantismo. O demagogo incentivou a tendência da populaça romana para que se transformasse a cidade dos Papas em uma república, à semelhança das comunas na Itália no Norte.
Os incendiários discursos de Arnaldo contra os bispos, cardeais e até mesmo contra o ascético pontífice, que o tratara com extrema indulgência, influenciaram seus ouvintes com tanta fúria, que Roma parecia uma cidade capturada por bárbaros. Os palácios dos cardeais foram arrasados; igrejas e mosteiros saqueados; a igreja de São Pedro transformada em um arsenal, e os peregrinos piedosos saqueados e maltratados. Essa democracia romana triunfou de 1146 a 1149.
O Papa, obrigado a abandonar a Cidade Eterna durante essa revolta, refugiou-se primeiro no Castelo Santo Ângelo, indo depois para Viterbo.
Entretanto, para o homem medieval, não podia existir Roma sem o Papado. Assim, houve uma forte reação liderada sobretudo pelas famílias patrícias da cidade, que fez com que um tratado de paz fosse assinado entre Eugênio III o Senado romano, e com isso a paz foi restaurada. O Sumo Pontífice voltou então à Roma poucos dias antes do Natal.
Em 1148 o papa excomungou Arnaldo, e o degradou, para que ele fosse entregue ao braço secular. Condenado por este à morte em 1155, o herege foi queimado vivo, e suas cinzas lançadas ao Tibre.
A queda de Edessa em 1144 levou Eugênio a dirigir premente apelo à cavalaria da Europa, urgindo que esta corresse em defesa dos Santos Lugares. Pediu a São Bernardo que pregasse então a Segunda Cruzada. O santo o fez com tanto sucesso, que dois magníficos exércitos, comandados pelos Rei dos Romanos e pelo Rei da França, dirigiram-se à Palestina. Infelizmente, por motivos vários, essa iniciativa não teve êxito.
Em seu múnus pontifício, o Beato Eugênio foi inexorável em punir os eclesiásticos indignos. Depôs assim os metropolitas de York e Mainz e retirou o pálio do arcebispo de Reims. Mas se o santo pontífice poderia às vezes ser severo, esta não era sua disposição natural.
“Nunca”, escreveu o Venerável Pedro de Cluny a São Bernardo, “encontrei um amigo mais verdadeiro, um irmão mais sincero, um pai mais puro. … Eu nunca fiz a ele um pedido que não tenha concedido ou tenha recusado, ou do qual eu pudesse razoavelmente reclamar”. Por ocasião de uma visita que o Papa fez a Claraval, seus antigos companheiros descobriram com alegria, que “aquele que brilhava externamente nas vestes pontifícias, permanecia em seu coração um monge observante”.
Eugênio III morreu em Tivoli, para onde fora para evitar o calor do verão, e foi enterrado em frente ao altar-mor em São Pedro, Roma. São Bernardo o seguiu no túmulo (20 de agosto). Santo Antonino declarou que Eugênio III foi “um dos maiores e mais aflitos dos papas” da Igreja. O imortal Pio IX, por decreto de 28 de dezembro de 1872, aprovou o culto que desde tempos imemoriais os Pisanos rendiam ao seu compatriota, e ordenou que ele fosse homenageado com a Missa e o Office ritu duplici no aniversário de sua morte.