Considerado o restaurador da Companhia de Jesus quando supressa, teve muito que sofrer por sua fidelidade aos ideais de Santo Inácio de Loyola.
José Pignatelli nasceu em 1737 em Saragoça, do ramo espanhol de nobilíssima família do reino de Nápoles. Perdendo a mãe aos cinco anos, foi educado por uma irmã naquele reino. Aos quinze anos voltou para a Espanha e entrou na Companhia de Jesus. Ordenado sacerdote, dedicou-se ao ensino das letras e, com grande fruto, ao ministério apostólico.
Iniciou-se então uma grande perseguição à Companhia na Espanha, sendo ele com outros jesuítas expulsos para a Córsega. Mas, alastrando-se a perseguição pela Europa, ele teve que peregrinar por vários lugares, até fixar-se em Ferrara, onde fez a profissão solene dos quatro votos dos jesuítas, isto é, os de obediência, pobreza e castidade, e o pôr-se a serviço do Soberano Pontífice.
Em 1773, mesmo ano em que foi estabelecido na França o Grande Oriente maçônico, Clemente XIV dissolve a Companhia de Jesus.
São José de Pignatelli queria ir para a Rússia, único lugar em que ela ainda existia mas, enquanto esperava, sucedeu que, com licença de Pio VI, foi ereta uma casa para noviços jesuítas no ducado de Parma, e o santo tornou-se seu reitor.
Em 1804 Pio VII restaurou a Companhia de Jesus no reino de Nápoles, tendo Pignatelli como Provincial. Em 1806 o santo se transfere para Roma. Lá vai preparando, sem ruído, o renascimento da Companhia, o que se deu em 1814 com o mesmo Pio VII.
Mas o santo tinha já morrido em 1811, com 74 anos de idade.
São José de Pignatelli foi homem insigne pelo talento e cultura, tanto sagrada como profana. Mostrou especiais dons de prudência e conselho. Cultivando todas as virtudes religiosas, assinalou-se particularmente pela fortaleza, paciência na adversidade, enorme confiança em Deus, e tal liberalidade para com os pobres, que não faltava quem julgasse que o dinheiro se multiplicava em suas mãos. Foi amoroso devoto do Sagrado Coração de Jesus, e filho devotíssimo da Mãe de Deus.
O Papa Pio XI, que o beatificou, disse que São José de Pignatelli era “o principal anel da cadeia entre a Companhia que existira, e a Companhia que ia existir … o restaurador dos Jesuítas”.