Por maravilhosos desígnios de Deus, Margarida tornou-se Rainha da Escócia. Requintou o esplendor das igrejas e da corte, sabendo admiravelmente aliar profunda piedade e muita firmeza.
Quando o rei da Inglaterra Edmundo II foi assassinado em 1017, Canuto II, o Grande, rei da Dinamarca, aproveitou para concluir a conquista desse país, do qual já tinha algumas províncias. E enviou para a Suécia os dois filhos do rei falecido, Edmundo e Eduardo, com o intuito de que lá fossem mortos. Mas o rei sueco não quis manchar suas mãos com sangue inocente, e mandou os dois órfãos para a Hungria, onde reinava o grande rei Santo Estevão. Este recebeu-os com todo o afeto, e se encarregou de dar-lhes uma educação segundo seu nascimento. Edmundo morreu sem sucessão, mas Eduardo, chamado “do Ultramar” ou “o Proscrito” casou-se com Ágata, sobrinha do Imperador Santo Henrique e irmã de Gisela, esposa do rei Santo Estevão. Desse matrimônio nasceram três filhos, Edgard, Cristina e Margarida, esta em 1046.
O pai da santa faleceu em 1057, e seu irmão Edgard tornou-se assim herdeiro direto do rei da Inglaterra, que não tinha descendentes. Sendo ele ainda menor de idade, e tendo nascido em terra estrangeira, colocaram no trono em seu lugar o Conde Haroldo. Guilherme o Conquistador, atravessou o Canal da Mancha em 1066 e invadiu a Inglaterra. Na batalha de Hastings, matou Haroldo e se apoderou do trono inglês. Para subtrair-se à tirania do conquistador, Edgard e Margarida, esta com 20 anos de idade, fugiram numa embarcação pretendendo chegar à Hungria, onde sabiam que seriam bem recebidos. Mas outro era o desígnio da Providência, e durante uma tempestade o barco foi atirado às costas da Escócia.
Nesse país foram bem recebidos pelo rei Malcolm III que, encantado com as qualidades de Margarida, propôs-lhe o matrimônio. Esta de há muito alimentava o desejo de, como sua irmã Cristina, fazer-se religiosa. Mas seu confessor fê-la ver como poderia auxiliar mais a religião subindo ao trono. Assim realizou-se no ano de 1070 o casamento e a coroação de Margarida como rainha da Escócia. Aos 24 anos de idade, foi reputada a mais formosa princesa de seu século.
Deus abençoou seu matrimônio com oito filhos, seis homens e duas mulheres, todos tendo seguido a senda da mãe. Dois deles – uma filha, também Margarida, casada com o rei da Inglaterra, e um filho, Davi I, rei da Escócia – foram elevados à honra dos altares.
Um dos cuidados de Margarida foi o de estabelecer em todo o reino sacerdotes virtuosos e pregadores zelosos. Um sínodo foi convocado e as mais importantes reformas instituídas por ele foram a regulamentação do jejum da Quaresma e a observância da Comunhão pascal, então quase desaparecidos, e a remoção de certos abusos concernentes ao casamento dentro dos graus de parentesco proibidos.
Quando a rainha estava acamada em sua última doença, teve que passar por uma prova duríssima. Tendo o rei Guilherme, o Ruivo, da Inglaterra, invadido a Northumberland escocesa, Malcolm organizou um exército para a reconquistar. A rainha lhe pediu muito que não fosse pessoalmente nessa campanha, mas ele resolveu ir com seus filhos Eduardo e Edgard, julgando que o temor da rainha se devia à bondade de seu coração. O rei e seu filho Eduardo foram mortos na batalha, o que acelerou a morte da esposa, que faleceu no dia 16 de novembro de 1093, aos 47 anos de idade. Tornou-se padroeira da Escócia.