João nasceu no ano de 1385 em Capistrano, pequena cidade dos Abruzzos, no reino de Nápoles. Seu pai era um fidalgo angevino que tinha ido para a região na comitiva do duque de Anjou, e lá se havia fixado. Nada se sabe de sua infância e adolescência, a não ser que estudou humanidades em sua terra natal, indo depois para Perúsia estudar direito civil e canônico. Casou-se então com a filha de nobre família da cidade.
Nesse tempo a orgulhosa Perúsia levantou-se em armas contra o rei Ladislau, da Sicília. Na batalha que se seguiu, os perusinos foram vitoriosos. João, que tentara ser moderador entre as duas forças, teve sua atitude mal interpretada, sendo acusado de favorecer o partido de Ladislau, e de estar em comunicação com o exército inimigo. Isso bastou para pô-lo no cárcere. João defendeu-se brilhantemente, mas os homens foram surdos aos seus argumentos.
João esperava que o rei Ladislau se interessasse por sua sorte; ou que o fizesse algum dos magistrados de Perúsia, que tão devotados a ele tinham se mostrado antes. Mas ninguém se interessou por sua sorte, e ele ficou esquecido na prisão. Há males que vêm para bem: na prisão ele encontrou o caminho de Deus.
Com efeito, nas longas e monótonas horas de recolhimento forçado, João começou a considerar a inconstância da amizade humana, o falacioso das glórias deste mundo, e como não se podia fiar senão em Deus. A graça começou a trabalhar em sua alma, levando-o aos poucos a pensar em entregar-se inteiramente a Deus.
E Deus secundava seus planos: pouco depois de liberto, faleceu sua jovem esposa, com quem não tivera filhos. Dirigiu-se então ao convento franciscano do Monte, perto de Perúsia, da estrita observância, e pediu admissão. Tinha trinta anos de idade.
Estreita amizade logo o uniu com São Bernardino de Siena, do qual se fez discípulo. Dedicado à pregação, quando pregava sobre a Santíssima Virgem, para com a qual tinha uma devoção terna e profunda, o auditório chorava de emoção.
Ocorreu então que, no final do século XIII, surgiu na comarca de Ancona, na Itália, uma seita religiosa muito perniciosa de monges vagabundos, quase todos apóstatas, com o nome de Fraticelli, que escandalizava a Igreja e a Cristandade
O papa Eugênio IV nomeou então Frei João de Capistrano inquisidor contra a seita, para exterminá-la de vez, o que ele fez com êxito.
Entretanto, pode-se dizer que a grande missão de sua vida foi a luta contra o temível Maomé II. Este sultão, tendo se apoderado de Constantinopla no ano de 1456, havia jurado hastear o estandarte otomano no Capitólio de Roma, ameaçando assim toda a Cristandade. Era necessária uma reação imediata e eficaz. O papa Nicolau V convocou então uma Cruzada, e nomeou São João de Capistrano seu pregador e chefe religioso.
Durante a batalha, armado com a cruz, João de Capistrano animava a todos, aparecendo nos lugares em que os cristãos pareciam fraquejar, conjurando-os em nome de Jesus Cristo a não ceder, mas a avançar. O exército cristão, tomado por um fervor sobrenatural, arremeteu irresistivelmente contra as linhas islâmicas, rompendo o cerco. Foi tal o ímpeto, que o próprio Maomé foi ferido, e seu exército desbaratado. A Cristandade estava salva.
Diz-se que na batalha morreram mais de 40 mil turcos, sendo relativamente pequenas as perdas dos cristãos. E que, apesar de Frei João estar sempre no local mais perigoso da batalha, não sofreu o mais leve arranhão, o que foi considerado como fato milagroso.
Toda a Cristandade reconheceu que a vitória fora concedida pelo Céu devido às orações e ação de presença do santo.
Apenas três meses depois da vitória o valente batalhador entregava sua alma a Deus no ano de 1456, na Hungria, aos setenta e um ano de idade.