João nasceu no ano de 1385 em Capistrano, pequena cidade dos Abruzzos no reino de Nápoles. Seu pai era um fidalgo angevino que tinha ido para a região na comitiva do duque de Anjou, e lá se havia fixado. Nada se sabe de sua infância e adolescência, a não ser que estudou humanidades em sua terra natal, indo depois para Perúsia estudar direito civil e canônico. Casou-se então com a filha de nobre família da cidade.
Nesse tempo a orgulhosa Perúsia se levantou em armas contra o rei Ladislau da Sicília. Na batalha que se seguiu, os perusinos foram vitoriosos. João, que tentara ser moderador entre as duas forças, teve sua atitude mal interpretada, sendo acusado de favorecer o partido de Ladislau, e de estar em comunicação com o exército inimigo. Isso bastou para pô-lo no cárcere. Ele se defendeu brilhantemente, mas todos foram surdos aos seus argumentos.
João esperava que o rei Ladislau se interessasse por sua sorte; ou que o fizesse algum dos magistrados de Perúsia, que tão devotados a ele tinham se mostrado antes. Mas ninguém se interessou por sua sorte, e ele ficou esquecido na prisão.
Há males que vêm para bem: na prisão ele encontrou o caminho para Deus. Com efeito, nas longas e monótonas horas de recolhimento forçado, João começou a considerar a inconstância da amizade humana, o falacioso das glórias deste mundo, e como não se podia fiar senão em Deus. A graça começou a trabalhar em sua alma, levando-o aos poucos a pensar em se entregar inteiramente a Deus.
E Deus secundava seus planos: pouco depois de liberto, faleceu sua jovem esposa, com quem não tivera filhos. Dirigiu-se então ao convento franciscano do Monte, perto de Perúsia, da estrita observância, e pediu admissão. Tinha trinta anos de idade.
O fidalgo vinha precedido da sua boa fama no mundo. O mestre de noviços quis então experimentar sua vocação por meio das humilhações, as mais vexatórias. O noviço suportou com espírito sobrenatural as humilhações que Deus Nosso Senhor permitiu que sofresse, a fim de fazê-lo caminhar mais rapidamente no caminho da perfeição. Por duas vezes foi expulso do convento como inapto para a vida religiosa, e por duas vezes foi readmitido. Enfim, fez a profissão religiosa e foi ordenado sacerdote.
Para controlar seus impulsos ardentes e sua natureza viva, entregou-se com empenho à mortificação, flagelando-se duramente, reduzindo as horas de sono para três por noite, e alimentando-se uma só vez por dia. Rezava diariamente inúmeras preces, entre elas o Ofício de Nossa Senhora, o Ofício dos Mortos, os Sete Salmos Penitenciais. Dedicava-se com empenho à meditação das verdades eternas e à leitura espiritual. Durante a celebração do santo sacrifício da Missa, chamava atenção sua profunda piedade.
Estreita amizade logo o uniu a São Bernardino de Siena, do qual se fez discípulo. Dedicado à pregação, quando falava sobre a Santíssima Virgem, para com a qual tinha uma devoção terna e profunda, o auditório chorava de emoção.
Certo dia em que pregava sobre Ela, quando aludiu às palavras do Apocalipse signum magnum apparuit in coelo (um sinal admirável apareceu no céu), os assistentes puderam contemplar brilhante estrela que apareceu sobre o auditório, lançando raios sobre a face do pregador. Em outra ocasião, fez parar no ar a chuva que prejudicava seu sermão, e silenciarem os passarinhos que chilreavam muito forte. Repetiu-se também com ele o milagre ocorrido com outros santos: negando-se um barqueiro a atravessá-lo à outra margem do rio Pó, atravessou-o a pé enxuto sobre seu manto, que lhe serviu de barco. No fim de um sermão sobre as vaidades e perigos do mundo em Áquila, as mulheres da cidade trouxeram seus ornamentos e os queimaram em grande fogueira na praça pública. O mesmo sucedeu em vários outros lugares. Em Praga, depois de um sermão que fez sobre o Juízo Final, mais de cem jovens abraçaram a vida religiosa. Na Moravia converteu quatro mil hussitas, e deixou um livro no qual refutava ponto por ponto a doutrina dessa seita herética. Também converteu um bom número de judeus.
Ocorrera que, no final do século XIII, surgira na comarca de Ancona uma seita religiosa muito perniciosa de monges vagabundos, quase todos apóstatas, com o nome de Fraticelli, que escandalizava a Igreja e a Cristandade
O papa Eugênio IV nomeou então Frei João de Capistrano Inquisidor contra a seita, para exterminá-la de vez, o que ele fez com êxito.
Entretanto, pode-se dizer que a grande missão de sua vida foi a luta contra o temível Maomé II. Este sultão, tendo se apoderado de Constantinopla no ano de 1456, havia jurado hastear o estandarte otomano no Capitólio de Roma, ameaçando assim toda a Cristandade. Era necessária uma reação imediata e eficaz. Como todo verdadeiro santo, João de Capistrano era também um combatente. Em 1455, participou da Dieta que se realizava em Neustadt e, com o fervor de suas pregações e dom de persuasão, conseguiu reunir um exército de 40 mil homens, entre franceses, italianos, alemães, boêmios, poloneses e húngaros. Chefiados por Ladislau, rei da Hungria, João Uniade, senhor da Transilvânia, e George, príncipe da Rússia, tiveram que enfrentar um exército muçulmano muito maior e mais bem armado que cercava Belgrado. O papa Nicolau V nomeou Frei João de Capistrano seu pregador e chefe religioso da Cruzada.
Durante a batalha, armado com a cruz, o santo animava a todos, aparecendo nos lugares em que os cristãos pareciam fraquejar, conjurando-os em nome de Jesus Cristo a não ceder, mas avançar. O exército cristão, tomado por um fervor sobrenatural, arremeteu irresistivelmente contra as linhas islâmicas, rompendo o cerco. Foi tal o ímpeto, que o próprio Maomé foi ferido, e seu exército desbaratado. A Cristandade estava salva.
Diz-se que na batalha morreram mais de 40 mil turcos, sendo relativamente pequenas as perdas dos cristãos. E que, apesar de Frei João estar sempre no local mais perigoso da batalha, não sofreu o mais leve arranhão, o que foi considerado como fato milagroso. Toda a Cristandade reconheceu que a vitória fora concedida pelo Céu devido às orações e ação de presença do santo.
Apenas três meses depois da vitória o valente batalhador entregava sua alma a Deus no ano de 1456, na Hungria, aos setenta e um ano de idade.
Seu corpo, que se livrara da barbárie dos turcos, foi vítima da impiedade dos luteranos. Esses inimigos da verdadeira fé, tomando a capital húngara, desenterraram seus restos mortais, e os lançaram no rio Danúbio. Felizmente os católicos os reencontraram e levaram para Elloc, perto de Viena, onde até hoje eles são venerados pelos fiéis, enquanto aguardam o dia da ressurreição final.