João era o terceiro e último filho de D. Salvador Pereira de Brito e Dona Brites Pereira, e nasceu em Lisboa em 1º de março de 1647.
Era ainda muito menino quando seu pai foi mandado ao Brasil por D. João IV para governar o Rio de Janeiro, onde faleceu sem mais tornar a ver a família.
Coube assim a Dona Brites o ônus de educar os filhos. Ela o fez na escola do amor e do temor de Deus. João, o caçula, tendo que ir para a Corte com a idade de 9 anos na qualidade de pajem do infante D. Pedro, graças à sua força de caráter e coração generoso, ostentou sem respeito humano sua piedade entre seus companheiros de jogos e estudos. Nem sempre bem visto por isso, tornou-se objeto de chacota e injúrias da parte de condiscípulos, o que lhe mereceu o profético apelido de “o mártir”, que lhe deram na Corte.
Impressionado com a vida de São Francisco Xavier, a quem concebera terna devoção, João aspirou desde muito cedo seguir seu exemplo, consagrando-se um dia ao apostolado na Índia.
Desse modo, aos catorze anos entrou para o noviciado jesuíta em Lisboa, apesar de todas as dificuldades que lhe opuseram na Corte e família. Pouco depois de ordenado, partiu rumo à Índia acompanhado de 17 outros missionários.
O Pe. Brito foi designado para a missão de Madurai, uma das mais difíceis. Diz um seu biógrafo que, para atrair a casta mais elevada da Índia, a dos brâmanes, “Conservando em tudo a pureza da doutrina cristã,[os jesuítas] procuraram amoldar-se ao caráter dos hindus adotando os trajes, os costumes, e o modo de viver dos ‘brâmanes saniassis’, espécie de monges letrados” indianos. Portanto, não eram sacerdotes hindus, mas uma espécie de monges intelectuais. Esse método fora introduzido no início do século XVII pelo Pe. Roberto de Nobili, também jesuíta, sobrinho de São Roberto Belarmino, fundador dessa missão do Madurai. Analisado pela Santa Sé na época devido à polêmica que suscitou com os missionários portugueses, acabou sendo tolerado por ela, sendo que o Papa Gregório XV, mediante a Bula Romanae Sedis, de 31-1-1623, permitiu ao Pe. Roberto de Nobili prosseguir aplicando seu método de apostolado. Entretanto, esse método depois seria condenado por Bento XIV.
O fato de São João de Brito ter adotado tal método não ofereceu dificuldade quanto à sua canonização: 1) porque durante sua vida este estava aprovado por uma bula pontifícia; 2) ademais, o santo foi canonizado como mártir e não como confessor.
Em 1691 o Pe. Brito foi socorrer os cristãos do Maravá, por causa da perseguição dos brâmanes. Como seu patrono São Francisco Xavier, havia diasemque ficava com os braços quase inanimados de tanto administrar o batismo.
Entre seus novos conversos estava o príncipe Tariadevém, que involuntariamente seria causa de sua morte. Pois, para o receber na Igreja, João de Brito impôs comocondição que ele escolhesse uma só esposa, afastando as demais. O generoso pagão o fez, repudiando as esposas secundárias. Uma delas era sobrinha do rajá do Maravá. Este, para “vingá-la”, não se atrevendo a fazer nada contra o príncipe, mandou saquear e queimar as igrejas cristãs e prender o Pe. João de Brito, condenando-o à morte.
Na véspera de seu martírio, o qual ocorreu em 4 de fevereiro de 1693, escrevendo ao superior da missão, assim São João de Brito falava de sua morte: “Quando a culpa é virtude, o padecer é glória”.
Imediatamente o nome do mártir tornou-se objeto de veneração, e numerosos milagres foram operados por sua intercessão, o que levou o bem-aventurado papa Pio IX a inscrevê-lo no rol dos Beatos, e a Pio XII a canonizá-lo em 22 de junho de 1947.