Primeiro bispo de Salzburg, contemporâneo de Childeberto III, rei dos Francos (695-711), a data de seu nascimento é desconhecida. De acordo com antiga tradição, ele descendia da família real Merovíngia franca, e dos rupertinos, uma importante família que dominava com o título de conde a região do médio e do alto Reno. Desta família nasceu também outro santo, São Roberto (ou Ruperto) de Bingen, cuja vida foi escrita por Santa Hildegarda. Os rupertinos eram parentes dos carolíngios, e o centro de suas atividades era Worms. Foi aí que São Ruperto recebeu sua formação de cunho monástico irlandês.
De acordo com a sua mais antiga biografia, ele era notado por sua simplicidade, prudência e temor de Deus, amava a verdade em seus discursos, tinha reta opinião, era cauto em seu conselho, enérgico em sua ação, liberal em sua caridade e, em toda sua conduta um glorioso modelo de retidão.
Quando Ruperto era bispo de Worms, a fama de seu saber e piedade atraíram-lhe pessoas de todos os quadrantes. Assim, notícia de suas qualidades chegou ao Duque Theodo II, da Baviera (625-716). É com esse duque que começa a história documentada desse país.
Theodo foi o primeiro a fazer projetos de desenvolvimento da Igreja bávara que, apesar do labor dos primeiros missionários, era apenas superficialmente católica, sendo o resto da população ainda pagã ou herética ariana.
Para essa empresa, o duque recorreu a quatro grandes missionários: São Ruperto de Salzburg, Santo Eraldo de Ratisbona, Esmerano de Ratisbona e provavelmente também São Corbiniano de Frisinga, para animar a evangelização do território, em aliança com a política papal. Era preciso fazer reviver, confirmar, e propagar de novo o espírito do Cristianismo. Isso porque muitos cristão tinha sido contaminados pelos costumes e modos de ser dos pagãos.
São Ruperto atendeu ao pedido de Theodo após ter-se familiarizado com a terra e o povo da Baviera. Foi recebido na antiga cidade de Ratisbona no ano de 696, com grande honra e cerimônia pelo Duque.
O santo pôs imediatamente mãos à massa, evangelizando com seus auxiliares, desde o território do Danúbio, até os limites da Panônia. Atingiu depois Lorch, para de lá se encaminhar para as isoladas margens do Wallersee, onde construiu uma igreja em louvor de São Pedro.
São Ruperto pediu a Theodo o território da antiga cidade romana de Juvavum, para a erigir nele um mosteiro e sua sede episcopal. Esse se tornou no mais antigo mosteiro da Áustria, e veio a ser justamente o núcleo de formação da nova cidade de Salzburgo.
Para essa obra São Ruperto teve o apoio de doze concidadãos, dois dos quais também se tornaram santos: Cunialdo e Gislero. Ao lado desse mosteiro, o santo fundou um outro feminino, que entregou à direção de sua sobrinha, a abadessa Erentrudes. Desse modo o santo foi o responsável pela conversão da Baviera e da Áustria.
Depois de uma vida de extraordinária e bem sucedida atividade, o Santo morreu em Salzburgo – cidade que seria imortalizada pelo seu ilustre filho, Wolfgang Amadeus Mozart – auxiliado pelas preces de seus irmãos, no Domingo de Páscoa, 27 de março de 718.
Seu corpo repousou na igreja de São Pedro até 24 de setembro de 774, quando seu discípulo e sucessor, o abade-bispo São Virgílio, cedeu parte de seus restos mortais à catedral de Salzburgo.
São Ruperto é reconhecido como o fundador da bela cidade de Salzburgo, cujo significado é “cidade do sal”, sendo que ele aparece retratado com um saleiro na mão, por sua ligação com a própria origem e desenvolvimento da cidade. Foi seu primeiro bispo, e sua influência alastrou-se tanto, que é festejado não só nas regiões de língua alemã, como também na Irlanda, onde estudou, porque ali foi tomado como modelo pelos monges irlandeses.