O Funrural é um imposto que causa grande impacto sobre o agronegócio, pois ele tributa em 2,3% as atividades deste setor, que vem se tornando uma das principais colunas de sustentação da economia nacional em meio à enorme crise que ainda assola o Brasil, apesar de sutis melhoras nos índices dos últimos meses.
Os recursos arrecadados com Funrural serviam para tapar o buraco da Previdência Social. Havia, contudo, o problema da bitributação, pois os produtores já contribuem com a Previdência sobre o salário-base, como todas as outras atividades econômicas. Além disso, existia a carga tributária gerada pelo Funrural, cuja finalidade também era arrecadar recursos para a Previdência. Existiam, portanto, dois impostos com a mesma finalidade, uma bitributação, com os produtores pagando duas vezes a previdência.
Assim, não estava sendo respeitado o princípio da isonomia no tratamento tributário dado ao agronegócio. Este foi o argumento que levou à queda, via judicial, da cobrança deste tributo. Em decisões de 2010 e 2011, o STF entendeu que o Funrural era inconstitucional justamente por questão de bitributação e pela falta de isonomia no tratamento da atividade agropecuária. Desde então, em respeito à decisão do STF, os produtores rurais deixaram de pagar o Funrural.
Entretanto, em março deste ano, o STF mudou radicalmente de postura, e voltou atrás em suas decisões anteriores. O mesmo tribunal que havia julgado inconstitucional o tributo, depois julgou que o mesmo era constitucional, gerando assim um sério problema para o setor agropecuário pela significativa elevação da carga tributária. Todavia, cabe ao Senado votar um projeto para pôr fim ao imposto do Funrural.